Träger des Waldkindergartens Starnberg ist der eingetragene Verein Waldkindergarten Starnberg e.V. Der gewählte Vorstand vertritt den Verein nach außen und übernimmt die Geschäftsführung. Die pädagogische Arbeit ist dem pädagogischen Team übertragen, wobei der Vorstand durch regelmäßigen Austausch, Absprachen und die gemeinsame Jahresplanung eng eingebunden bleibt. Als Elterninitiative ist der Waldkindergarten in besonderer Weise von der aktiven Mitwirkung aller Familien getragen. Diese Struktur ermöglicht kurze Wege, ein hohes Maß an Mitgestaltung und eine enge Verbindung zwischen Familie und Kindergarten.